Niet één oppervlaktewater in Noord-Holland voldoet op dit moment aan de Europese waterkwaliteitseisen en van de vier grondwatergebieden voldoet er eentje niet aan deze normen. Daarom onderzoeken Gedeputeerde Staten de mogelijkheid om het gebruik van gewasbeschermingsmiddelen en kunstmest te beperken. Deze maatregel is bedoeld voor Natura 2000- en grondwaterbeschermingsgebieden. Ook wordt onderzoek gedaan naar beheersing van de rivierkreeft.
Het inzetten van deze bevoegdheden is ingrijpend en heeft mogelijk financiële en economische consequenties. Daarom wordt onderzocht of de beperking proportioneel en effectief is. De provincie is verantwoordelijk voor haar eigen vaarwegen, gronden en beschermde gebieden. Zij legt onder meer natuurvriendelijke oevers aan, stelt geld ter beschikking voor het reguleren van indirecte lozingen (lozingen in rioolwater) en zorgt ervoor dat vissen veilig voorbij sluizen kunnen zwemmen. Dit is echter niet voldoende.
Volgens de Kaderrichtlijn Water moeten oppervlaktewater en grondwater in 2027 voldoen aan chemische en ecologische normen. De 89 aangewezen oppervlaktewateren en één van de vier grondwatergebieden in Noord-Holland voldoen hier niet aan. De belangrijkste oorzaken voor het niet halen van de doelen zijn te hoge concentraties chemische stoffen en nutriënten (stikstof en fosfor) in het oppervlakte- en grondwater.
De verontreiniging wordt onder andere veroorzaakt door de industrie, landbouw en het verkeer. In delen van de provincie komt daarnaast van nature veel stikstof en fosfor voor in de bodem. Dit komt door oude veen- en kleibodems. Wat ook een negatieve invloed heeft op de waterkwaliteit zijn bijvoorbeeld steile kunstmatige oevers (onnatuurlijke inrichting).